1、生长区域不同。南山楂，常指生长在安徽、浙江等南方地区的山楂。北山楂，则是生长在河南、河北、山东等北方地区的山楂。

2、形状不同。北山楂为圆形片，皱缩不平，直径1～2.5cm，厚0.2～0.4cm。外皮红色，具皱纹，有灰白色小斑点。果肉深黄色至浅棕色。中部横切片具5粒浅黄色果核，但核多脱落而中空。南山楂果实近球形或扁球形，直径1-1.2厘米，红色或黄色，常具有宿存反折萼片或1苞片；小核4-5，内面两侧平滑。

3、别称不同。北山楂，又名红果、山里红、酸楂。南山楂，一般指野山楂，又名红果子、小叶山楂。