1、絮状检查。天然的水晶的内部一般都会有絮状，也就是棉绺，即通常所说的瑕疵。因为天然水晶在形成的过程中，液体水落石出和二氧化碳的小空穴。对着太阳观察时，可以看到淡淡的细小的横纹或者絮状物。

2、二色检查。天然的水晶具有二色性，即便是最顶级的紫水晶、黄水晶也会有色差。可以使用专门的比色卡对水晶的颜色进行辨别。天然的水晶具有二色性，而人造的水晶没有二色性。

3、气泡检查。用十倍的放大镜在透射光下检查水晶，看水晶内部是否含有气泡，天然水晶内部是不存在气泡的。而人造水晶采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼而成，在十倍的放大镜下观察，可以看到明显的气泡。